Hay un par de errores que debes evitar cometer para asegurarte de un buen funcionamiento de los checkboxes en angularjs
El primero es asignar directamente el valor de true o false a una variable, y que esta no se encuentre dentro de un objeto, es decir, siempre debemos crear un objeto para que cada propiedad de este sea el que contenga el valor del checkbox y no asignarlo directamente a una variable.
Este código esta mal escrito
<input type="checkbox" ng-model="variable">
El resultado en este ejemplo siempre será false
Este código esta bien escrito
<input type="checkbox" ng-model="objeto.variable">
Aquí el resultado será true o false de acuerdo al estado del checkbox
Otro error que no debes cometer y debes evitar es asignar atributos a un input checkbox con attr, en mi caso el error fue muy específico y tampoco me dejaba que los valores del checkbox se obtuvieran exitosamente, para evitarlo usa la funcion prop en su lugar
Código incorrecto
$('.clase').attr('disabled', '');
Código correcto
$('.clase').prop('disabled', true);
Para quitar el atributo en este caso utilizaríamos $('.clase').removeProp('disabled');
